第５条の２（上陸の拒否の特例）

法務大臣は、外国人について、前条第１項第４号、第５号、第７号、第９号又は第９号の２に該当する特定の事由がある場合であっても、当該外国人に第２６条第１項の規定により再入国の許可を与えた場合その他の法務省令で定める場合において、相当と認めるときは、法務省令で定めるところにより、当該事由のみによっては上陸を拒否しないこととすることができる。

例え上陸拒否事由があっても再入国の許可を与えた場合は、法務省令で定める場合においてはその拒否事由のみで判断せず上陸することが出来る場合があります。

上陸拒否の特例の規定が施行規則第４条の２にあります。
（上陸の拒否の特例）
第４条の２　法第５条の２に規定する法務省令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一　外国人について、次に掲げる場合であって、当該外国人が在留資格をもつて在留しているとき。
イ　法第１２条第１項（法務大臣の裁決の特例）の規定により上陸を特別に許可した場合
ロ　法第２０条第３項（在留資格の変更許可）の規定により在留資格の変更の許可をした場合
ハ　法第２１条第３項（在留期間の更新許可）の規定により在留期間の更新の許可をした場合
ニ　法第２２条第２項（永住許可）の規定により永住許可をした場合
ホ　法第２２条の２第３項（在留資格の取得許可）（法第２２条の３（一時庇護）において準用する場合を含む。）において準用する法第２０条第３項の規定により在留資格の取得の許可をした場合
ヘ　法第２２条の２第４項（永住者の在留資格の取得許可）（法第２２条の３（一時庇護）において準用する場合を含む。）において準用する法第２２条第２項（在留資格の取得許可）の規定により永住者の在留資格の取得の許可をした場合
ト　法第２６条第１項（再入国の許可）の規定により再入国の許可を与えた場合
チ　法第５０条第１項（法務大臣の裁決の特例）の規定により在留を特別に許可した場合
リ　法第６１条の２の２第２項（難民の不認定による在留特別許可）の規定により在留を特別に許可した場合
ヌ　法第６１条の２の１２第１項（難民旅行証明書の交付）の規定により難民旅行証明書を交付した場合
ル　イからヌまでに準ずる場合として法務大臣（法第６９条の２（権限の委任）の規定により、法第５条の２（上陸の拒否の特例）に規定する権限の委任を受けた地方入国管理局長を含む。次号において同じ。）が認める場合
二　外国人に法第７条の２第１項（在留資格認定証明書の交付）の規定により証明書を交付した場合又は外国人が旅券に日本国領事官等の査証（法務大臣との協議を経たものに限る。）を受けた場合であって、法第５条（上陸の拒否事由）第１項第４号（１年以上の懲役又は禁固刑）、第５号（麻薬等に関する法令違反）、第７号（売春等に関わった人）、第９号（退去強制等から規定期間内）又は第９号の２（刑の確定から５年経っていない）に該当する特定の事由（以下「特定事由」という。）に該当することとなってから相当の期間が経過していることその他の特別の理由があると法務大臣が認めるとき。